This repository contains the code for the manuscript Ensemble-labeling of infectious diseases time series to evaluate early warning systems with which you can reproduce the manuscript's results and figures.

The repository "excode: Excess Count Detection in Epidemiological Time Series" contains the R package excode with a variety of functions for excess count detection in epidemiological time series. Excess count detection is an important part of public health surveillance.

Im Datensatz "Daten des Übersterblichkeitsberichts" des Robert Koch-Instituts werden wöchentliche Daten zur Übersterblichkeit in Deutschland bereitgestellt. Der Datensatz enthält Angaben zum Wochendatum und zur jeweiligen Gruppe (z. B. Altersgruppen, Geschlecht oder Region). Für jede Gruppe wird die beobachtete Sterbefallzahl den modellbasiert e...

The dataset "Supplementary raw data on cell chaining in an attenuated Listeria monocytogenes mutant" provides the raw images and data for the manuscript "On the role of cell chaining in the attenuation of a Listeria monocytogenes divIVA mutant" (https://doi.org/10.64898/2026.01.05.697648).

Implementation of a dynamic transmission model for modelling meningococcal transmission in Germany at the carrier level, as well as estimating the effects of different vaccination strategies. The software makes it possible to reproduce the results of the manuscript "The impact of introducing meningococcal C/ACWY booster vaccination among adolesc...

Der Wochenbericht des RKI zur Übersterblichkeit gibt einen Überblick über die aktuelle Entwicklung der Sterblichkeit in Deutschland. Zur Bestimmung der Übersterblichkeit werden die gegenwärtigen Sterbefallzahlen mit einem erwarteten Referenzwert verglichen, der aus den Sterbedaten der vergangenen Jahre abgeleitet wird. Übersteigt die aktuelle Za...