このリポジトリのトップページにある Use this template を押すとなんかうまいことなりそうです
プロジェクトディレクトリ直下に server, libs ディレクトリをつくる
patched_1.16.5.jar を用意して libs 直下に置く
settings.gradle, plugin.yml, PaperMixinExamplePlugin.java, MixinCraftPlayer.java と
papermixin で検索して出てくるすべての場所は適宜書き換えてください
ビルドしたサーバーのjarファイルとpluginのjarファイルは、それぞれ
bootstrap/build/libs/ と plugin/build/libs/ にあります
通常のプラグインとMixinを同梱していますが、Mixinしかいらない場合はpluginのほうを無視してもjarファイル内に余計なものは入っていないはずです
実行構成は画像の通りにすると、MixinにHotSwapが使えて幸せになれます
VMオプション: -Xmx2G -agentlib:jdwp=transport=dt_socket,server=y,suspend=n,address=5005 -javaagent:"{mixinライブラリのキャッシュディレクトリ}"
https://github.com/LXGaming/BukkitBootstrap
SiguServerBootstrap (private)