DengueMX

Repositorio de los datos abiertos y scrappeados de dengue en México junto con modelo de predicción de casos.

Brevemente el modelo sigue la siguiente estructura: $$\textrm{Dengue} = \textrm{Clima} + \textrm{Dengue semanas pasadas} + \textrm{Semana} + \textrm{Año}$$

una explicación más técnica del modelo la puedes encontrar en MODELO.md.

Historia de los casos

Estructura del repositorio

• datos-abiertos contienen los datos abiertos (históricos) de la DGE y su diccionario.
  • datos_abiertos_dengue_*.zip base de datos decargada de la Dirección General de Epidemiología correspondiente a la fecha *.
  • diccionario archivo con el diccionario de los datos (descargado el 19 de mayo 2022) contiene dos bases:
    • Descriptores_Dengue.xlsx con los descriptores de las variables.
    • Catalogos_Dengue.xlsx con el catálogo de variables.
• datos-limpios contiene la base de datos de 2016 a 2022 de los datos de dengue ya limpios en formato tidy
  • dengue_2016_2022_mx.rds base de datos con la información de dengue desde el registro de las semanas epidemiológicas de 2016 hasta el 2022. Para leer usa readr::read_rds.
  • dengue_2016_2022_mx.csv base de datos con la información de dengue desde el registro de las semanas epidemiológicas de 2016 hasta el 2022. Para leer usa readr::read_csv con UTF-8 de encoding.
  • dengue_for_model_mx.csv contiene los datos de dengue de 2015 a la fecha con los datos de las semanas faltantes interpolados así como transformaciones a log_casos. Es input para el modelo.
• datos-clima contiene las bases de datos de 1985 a 2022 de precipitación promedio por entidad y temperaturas (mínima, máxima y promedio) por mes. Las bases de datos son descargadas de los resúmenes de CONAGUA para 2021-2022 así como de los datos abiertos para 1985-2019.

  • descarga_clima_1985_today.R se encarga de descargar los datos de CONAGUA y de datos abiertos así como de usar python para procesar los pdf de CONAGUA (2021 en adelante).

  • images imágenes auxiliares para visualizar las variables de clima como auxiliares al modelo.

  • processed contiene las bases de datos de las variables climatológicas ya limpias en formato tidy.

    • Clima_info.csv y Clima_info.rds son la misma base para leer con readr. Contienen temperaturas y precipitaciones por entidad desde 1985. Se generan por descarga_clima_1985_today.

  • pdf_reports contiene los reportes que se descargan automáticamente de CONAGUA.

    • PREC_*.pdf Reporte de precipitación para el año *.
    • TMAX_*.pdf Reporte de temperatura máxima para el año *.
    • TMED_*.pdf Reporte de temperatura promedio para el año *.
    • TMIN_*.pdf Reporte de temperatura mínima para el año *.

  • Precipitacion.zip, Temperatura_Maxima_Excel.zip, Temperatura_Minima_Excel.zip, Temperatura_Promedio_Excel.zip son los datos abiertos que contienen la variable respectiva por entidad en formato Excel desde 1985 al 2020 (y 2021 parcialmente).

    NOTA Hay dos archivos con información del 2020 en estos .zip uno de ellos es incompleto.

• images Imágenes de los resultados con Dengue_predict incluyendo los resultados del modelo mientras que Dengue y Dengue_estado son visualizaciones de cómo va la enfermedad a la fecha.
• orchestrate.sh Mi script de Linux para correr en crontab y actualizar el modelo semanalmente.
• panoramas_epidemiologicos_previos contienen los pdf de anteriores panoramas epidemiológicos de dengue por año.
  • import contiene el código de Python para importar los panoramas (un código por año).
  • processed contiene los datos scrappeados de los panoramas epidemiológicos previos
  • unreadable documentos pdf de panoramas epidemiológicos que no se pudieron leer.
  • 2016-2021 carpetas con documentos en pdf de los panoramas epidemiológicos de la Secretaría de Salud.
• scripts para la descarga y el formateo de datos
  • daterange.py módulo auxiliar para Descarga.py.
  • Descarga.py para descarga diaria de los datos màs nuevos
  • format_dataset.R para correr los datos nuevos y ponerlos para el modelo
  • model_bayes.R el modelo para predecir dengue a nivel nacional
  • model_bayes.stan archivo de Stan con el modelo de dengue.
  • NO CORRER modelo_clima.R subset del modelo completo enfocado para hacer experimentos en la parte de clima del modelo.
  • NO CORRER predice_clima.stan subset del modelo completo enfocado para hacer experimentos en la parte de clima del modelo.

Colabora

La meta es tener un (mejor) modelo de dengue aunque sea a nivel nacional. Éste es sólo una prueba de concepto. Si te interesa escríbeme o manda un pull request. Algunas cosas en las que podrías colaborar:

• Descargar datos de años previos.