Es necesario crear un ambiente específico para Hybracter
conda create -n hybracterENV -c bioconda -c conda-forge hybracter
conda activate hybracterENV
hybracter install
Cuando yo use hybracter con miniconda, faltaba una dependencia y se bugeaba a veces, por lo que reinstalarla servía en casos de errores al momento de ensamblar.
conda install -n hybracterENV -c bioconda porechop_abi
Además, había que exportar el path de dos maneras:
- Escribir esto en la screen en donde se va a realizar el ensamblaje.
- O escribir esa línea en el ~/.bash_profile y luego aplicar
source ~/.bash_profile(esto final no es necesario si reinicio la terminal)
export PATH="$HOME/miniconda3/bin:$PATH"
El csv debe contener las etiquetas de las lecturas. Se tiene un archivo con lecturas illumina forward, otras con illumina reverse y uno con lecturas nanopore.
La etiqueta va a ser el nombre que van a tener los archivos, carpetas y subcarpetas relacionadas al ensamblaje.
Como ejemplo, el csv para un ensamblaje híbrido debe tener este contenido:
etiqueta,nanopore.fastq.gz,illumina_forward.fastq.gz,illumina_reverse.fastq.gz
Se ejecuta el ensamblaje tanto con las lecturas brutas como con las procesadas
hybracter hybrid --auto -i lecturas_hy.csv -o output_lecturas_brutas_hy -t 10
hybracter hybrid --auto -i lecturas_brutas_hy.csv -o output_lecturas_brutas_hy -t 10