Al momento de encriptar un texto éste sigue ahí aunque el resultado aparezca a la derecha, el problema es que si realizar un proceso de encriptado o desencriptado se mezcla con el texto de la izquierda y eso complica el volver al resultado original.
Intenta agregando una variable a tus funciones encriptar() y desencriptar() que te guarde el valor que tengas en tu constante texto y debajo de esa variable agrega un texto = "";, de esa forma va a guardar el valor dentro de la función y te limpia el textarea.