Сейчас при добавлении отдельного файла и включении объединения файлов в админке для каждого из файлов создаётся свой кеш, что не даёт выигрыша в экономии http запросов.
По хорошему нужно переработать этот момент и реализовать "слияние" всех файлов вне зависимости от типа подключения, но в том порядке, который необходим.