self.geometry.isosurface() Got （0，3） size 生成的geometry维度为（0，3）

[yangyang117]

当我使用github提供的图片生成3D对象时，在teethdreamer阶段，我获得了4张图片（看起来四张图片都是对的，但是稍微有点区别）。
然后我使用instant nsr pl 生成3D对象（需要在文件instant-nsr-pl\datasets\blender.py 143 和145行修改pkl的路径），能看到运行了20000步，在generate文件夹下也有相应的图片生成，然后在geometry.isosurface()阶段会报错，生成的geometry维度是（0，3）,无法进行后续的代码。

请问是我哪个步骤操作错误了吗？还是生成3D模型是一个概率事件，只有少数情况下可以生成？

teethdreamer阶段获得的图片：

在instant nsr pl阶段获得的图片：

it20000-test.mp4

看起来生成的模型很粗糙，能否帮忙查看下原因？

[yangyang117]

请问有人运行成功了吗？我看teethdreamer生成的图片和法向量很漂亮，但是生成3D模型我这边一直出错。

[yangyang117]

另外我用example里面生成了上牙和下牙，发现teethdreamer阶段生成的数据基本差不多，但是图片里面，上牙的切牙明显要比下牙的切牙大很多。而且上牙有一颗牙有明显的缺损，生成的图片里面却没有。
生成的下牙齿：

生成的上牙齿：

提供的示例照片：

核对代码之后发现路径以及结果位置并没有出错，请问是我运行时哪个参数没有修改吗？

[Xcf-xcf]

Your generation are both images of lower teeth and incomplete reconstruction may be caused by incomplete foreground mask automatically generated by Step 6. You can check segmented images in your dataset for instant-nsr-pl and fix it by Step 5

[yangyang117]

1.我在生成图片的时候，确实是指定了上牙和下牙，那我再核对下数据和代码
2.好的，我使用step5分割一下图像，然后再生成。我在运行 instant-nsr-pl时，使用4090D，20000步，需要40分钟，正常吗？

[yangyang117]

python TeethDreamer.py -b configs/TeethDreamer.yaml --gpus 0 --test ckpt/TeethDreamer.ckpt --output /Shared/Code/yy/TeethDreamer/example/teeth/1832_upper data.params.test_dir=/Shared/Code/yy/TeethDreamer/example/teeth/1832_upper
你好，我确信在生成过程中使用的是upper的路径和文件，这个文件夹下的图片也是上牙。但是生成的中间结果还是不对。
这个是文件夹中的图片，切牙与犬牙差不多大，且犬牙旁边的磨牙有缺损

但是生成的文件还是和下牙的差不多

[Xcf-xcf]

The parameter "test_dir" is the parent directory of each case. In your case, it should be "/Shared/Code/yy/TeethDreamer/example/teeth/". The code will collect all cases in this path and distinguish upper teeth by key word "upper".

[Xcf-xcf]

I test my code on A100 and the reconstruction process costs about 15 mins. I am not sure that your utilization of GPU is full. But the training speed of 4090D may be slower than A100 's here.

[Xcf-xcf]

There is a bug in the line 245 of "/ldm/data/teeth_dreamer.py". You can replace "self.view_idx[index][i]" with "i" to fix it. This bug cause the error of segmented teeth image loading, which restricts the quality of generated color or normal images. And I have fixed it in the latest code. Sorry for this.

[yangyang117]

There is a bug in the line 245 of "/ldm/data/teeth_dreamer.py". You can replace "self.view_idx[index][i]" with "i" to fix it. This bug cause the error of segmented teeth image loading, which restricts the quality of generated color or normal images. And I have fixed it in the latest code. Sorry for this.

Thank you. I will try it

[yangyang117]

The parameter "test_dir" is the parent directory of each case. In your case, it should be "/Shared/Code/yy/TeethDreamer/example/teeth/". The code will collect all cases in this path and distinguish upper teeth by key word "upper".

python TeethDreamer.py -b configs/TeethDreamer.yaml --gpus 0 --test ckpt/TeethDreamer.ckpt --output /Shared/Code/yy/TeethDreamer/example/teeth data.params.test_dir=/Shared/Code/yy/TeethDreamer/example/teeth_generate
当我测试上面的代码时，运行没有结果，且文件夹下也没有生成内容。

看起来好像是因为没有找到图片

[Xcf-xcf]

Are the example teeth image directory "1832_lower" or "1832_upper" in the path "/Shared/Code/yy/TeethDreamer/example/teeth_generate"? Or your own cases?

[Xcf-xcf]

Your test_dir may be empty so it will cause the problem.

[yangyang117]

Are the example teeth image directory "1832_lower" or "1832_upper" in the path "/Shared/Code/yy/TeethDreamer/example/teeth_generate"? Or your own cases?

不好意思，test路径和output路径设置错了。
但是我正确设置之后，提示我没有相应的文件，文件名应该是'/Shared/Code/yy/TeethDreamer/example/teeth/000.png'
从文件名来看，我应该是设置test_dir路径为图片的上级目录，而不应该是上上级目录。

python TeethDreamer.py -b configs/TeethDreamer.yaml --gpus 0 --test ckpt/TeethDreamer.ckpt --output /Shared/Code/yy/TeethDreamer/example/teeth_generate data.params.test_dir=/Shared/Code/yy/TeethDreamer/example/teeth
错误提示：

我的电脑中的路径：

[Xcf-xcf]

Your "test_dir" should only have directories of different cases such as "1832_lower" or "1832_upper" but not image files such as "000.png". The Step 3 shows the correct file structure of your test dataset.

[yangyang117]

你好，看了你的回复我感觉更困惑了。
python TeethDreamer.py -b configs/TeethDreamer.yaml
--gpus 0
--test ckpt/TeethDreamer.ckpt
--output directory/to/store/generated/images
data.params.test_dir=directory/of/segmented/images
按照你们给的提示， data.params.test_dir应该是分割之后的图片路径，我看你们提供的./TeethDreamer/example/teeth下面确实是已经分割之后的图片，同时你跟我说test_dir应该是包含上下牙齿文件夹的上层目录。output是保存生成图片的路径，按照我的理解应该是下面的执行代码。
python TeethDreamer.py -b configs/TeethDreamer.yaml --gpus 0 --test ckpt/TeethDreamer.ckpt --output /Shared/Code/yy/TeethDreamer/example/teeth_generate data.params.test_dir=/Shared/Code/yy/TeethDreamer/example/teeth

另外你回复说应该只包含 "1832_lower" or "1832_upper"文件夹，不包含图片，目前我的这个目录下没有图片，但是按照错误提示，这个路径下应该有图片。
目前我的文件是这样存放的，请问是我的文件存放有问题，还是命令有问题？我需要怎么修改呢？

我现在已经不知道要怎么修改这个目录了。。。。